Comme toutes les plantes cultivées, les bonsaï sont l'objet de l'attaque de nombreux parasites qui vivent à leurs dépens en se nourrissant, pour la plupart, de la sève de l'arbre. Ces parasites bénéficient de l'arrosage répété des plantes et, en quelque sorte, de la bonne santé des bonsaï.

Les jardiniers les connaissent bien, et savent combien il est difficile de s'en débarrasser. Il s'agit d'insectes de petite taille, de couleur verte, jaune ou brune, vivant en colonies sur les tiges et les feuilles. Très prolifiques, ils forment rapidement de véritables grappes couvrant toute la plante. Ils l'épuisent en en suçant la sève, mais surtout, ils favorisent le développement de maladies cryptogamiques et de virus qui profitent de leurs déjections. Celles-ci, de surcroit, attirent les fourmis qui, par commodité, risquent de s'installer dans la motte.

Les pucerons sont assez facilement éliminés par pulvérisation d'insecticides. Il faut gratter les vieilles écorces, qui abritent souvent des oeufs.

Il en existe un très grand nombre, qui ont en commun un appétit vorace de verdure, se traduisant par une attaque des feuilles pouvant aller jusqu'à la destruction totale. Certaines, avant d'apparaître au jour, se développent sur le revers de la feuille à l'état de cocon. Elles tordent celle-ci (d'où le nom de chenilles tordeuses) ou se développent dans les bourgeons et dans les boutons floraux, qu'elles dévorent de l'intérieur.

La lutte contre les chenilles n'est pas toujours facile, car elles offrent souvent une certaine résistance aux insecticides. Il faut, bien sur, commencer par enlever manuellement (et détruire) toutes celles que l'on peut trouver. Un poudrage insecticide donne souvent de bons résultats, la poudre se maintenant mieux sur le feuillage, et étant directement assimilée par la chenille. Pour certaines espèces, il est possible de placer des pièges (soucoupe avec de la glue) au pied des arbres. Cette méthode permet, par exemple, de venir à bout des phalènes, dont l'insecte grimpe le long des troncs en automne, la nuit, pour pondre sur le feuillage.

Il s'agit d'insectes minuscules adhérant fortement aux branches ou au tronc, protégés par une sorte de carapace appelée cuticule. Les cochenilles émettent une cire collante qui vaut à l'insecte le surnom de "poux collant".

Les cochenilles sont considérées comme des insectes nuisibles. La femelle suce la sève des plantes dont elle perfore l'écorce, elle participe de ce fait, comme le puceron, à la transmission de maladies cryptogamiques et virales. On lutte contre elle en appliquant, l'hiver, un traitement insecticide huileux, puis en grattant les parties d'écorce atteintes, les oeufs se développant sous la caraliace des insectes morts. Les déchets ainsi obtenus doivent impérativement être brûlés.

Il arrive que certains insectes parviennent à pondre dans le compost même où se développe le bonsaï, c'est-à-dire directement dans la motte. Ces larves sont particulièrement friandes de jeunes racines, qu'elles sectionnent, privant la plante de nourriture.

Il convient donc d'être très attentif lors des opérations de rempotage, il est alors possible de détruire les larves manuellement. On peut aussi utiliser un insecticide à base de lindane.

Longtemps prises pour des insectes, les araignées rouges sont en réalité des acariens, espèce animale méconnue, du fait de la taille souvent microscopique de ses représentants. Les araignées rouges, bien que minuscules, sont visibles à l'oeil nu, surtout en raison de leur couleur. Il s'agit du tétranyque, acarien particulièrement vorace, dont l'adulte pique le revers des feuilles pour puiser la sève. Il atteint plutôt les conifères, dont il fait jaunir et tomber les aiguilles.

Les acariens sont rebelles aux insecticides (ils ne sont pas prévus pour les détruire), et les acaricides sont rares. La meilleure façon de s'en débarrasser est une taille sévère des rameaux atteints, suivie du brûlage des rameaux.

Elles constituent un parasite redoutable à plusieurs titres. D'abord en raison de leur affinité avec les pucerons dont, on l'a vu, elles se nourrissent des déjections. On peut même considérer qu'elles en pratiquent un véritable élevage, transportant des pucerons d'un végétal à l'autre, les protégeant contre leurs prédateurs (les coccinelles, par exemple). D'autre part, pour être à proximité du lieu d'exploitation, les fourmis tendent à installer directement leur fourmilière dans la motte, elles désorganisent ainsi le système radiculaire de la plante en sectionnant les racines pour creuser leurs galeries. Le seul remède est ici le piège à fourmis que l'on place en surface de la motte.

En cas d'établissement d'une fourmilière dans la motte, la seule solution consiste à prendre le risque d'un dépotage, pour gratter la terre, afin d'éliminer le maximum de larves. Les fourmis, dérangées, délogent rapidement.